新鲜自制的柠檬蜂蜜的保质期一般都不会太久，大概两周到一个月左右不定，要看密封的情况以及保存的环境。制作柠檬蜂蜜要适量放柠檬，浸泡的玻璃罐子要密封好，这样放入冰箱的冷藏室就能够保存得久一些。
刚开始时由于柠檬片里面含有水分，跟蜂蜜发生反应会产生大量的汽包，而且蜂蜜也会变黑，也没有之前那么稠了，这是正常现象，不影响食用。柠檬是酸的长期用塑料罐装可能存在反应，最好是用玻璃罐装。蜂蜜本身也有一定的保质期，一般18个月左右，不过是真正的蜂蜜储存的时间可以长些。